The application form will have a question regarding that:
eg. Munich:
http://www.muenchen.de/rathaus/dms/H...haltstitel.pdf
Sind Sie bereits strafrechtlich in Erscheinung getreten oder wird
derzeit wegen Verdachts auf eine Straftat gegen Sie ermittelt?
Do you have a criminal record or are preliminary proceedings against
you pending?
And then it asks for details.