Well, it applies only to domestic flights. Sometimes international ticket ex Cusco/Arequipalandia come with the alert that Base/Base plus is only for residents but it seems to be only an IT issue as domestic segments in international ticket are almost always in B or Y booking class...

Las Tarifas Base y Base Plus de Cabina Económica en ruta nacional Perú son especialmente diseñadas para residentes en el Perú. Esta residencia se deberá acreditar únicamente con DNI peruano o carné de extranjería vigentes. En caso de que no acredite la residencia en el Perú, LAN le podrá negar el embarque o aplicar - previo al mismo- un cargo adicional de US$ 177. De no ser residente peruano le sugerimos ingresar al sitio que le corresponda a su residencia actual.