I have just received an email from the consulate in NYC in response to my question about that stamp:

MY QUESTION: могу ли я выехать из России по смоему деиствительному загран паспорту, если в нем стоит печать “отметка о выдаче заграничного паспорта во внутреннем паспорте не произведена”?

CONSULATE: По жизни на 100 % никогда нельзя быть ни в чем уверенным, но очень много людей живут и путешествуют без внутреннего Российского паспорта. Мы не видим никаких юридических препятствий в целом и для пересечения границы в частности в связи с этим штампом. С уважением, Генеральное консульство России в Нью-Йорке.

I don’t like the sound of the first sentence in that response, but the ending is pretty straightforward.