The AE bus does let off basically right next to the Marriott, but it is NOT the stop at the main train station (the last stop)...it is the stop before, at Masarykovo Nadrazi.
HEre's what the route looks like:
Sml AE
Terminál 1 - Hlavní nádraží
Min. Zastávka
0 - Terminál 1
2 Terminál 2
19 Dejvická
41 Masarykovo nádraží
51 Hlavní nádraží