The same page in Japanese makes it clearer that they are talking about outgoing transfers (furikomi), not withdrawals.
10万円を超えるATMでの現金振込みについて
シティバンクのATMでは、2006年12月下旬より、10万円を超える現金のお振込みはお取扱いできませ ん。
国際的な要請に基づく、マネー・ローンダリング／テロ資金供与防止のための本人確認手続に関する法令の改正 に伴うものです。
現金10万円を超えるお振込みの場合は、窓口にてお取扱いいたします。
窓口にお越しの際は本人確認書類をお持ちください。
As far as I can tell, the Citibank ATM will only impose a withdrawal limit if your home institution has imposed a limit. (Citibank itself imposes a default limit of JPY500,000 which can be raised by the customer if desired)